Здравствуйте, Сергей,
Все настройки по обменам хранятся только в базе данных, поэтому при восстановлении резервной копии обмен не должен был нарушиться. Возможно, проблема была в чем-то другом.
Сейчас для настройки обмена сделайте следующее.
1. Для нового узла программа начинает синхронизировать изменения только с момента его создания.
1.1 Поэтому, по возможности, используйте старые узлы, а вновь созданные удалите или отключите. В этом случае программа восстановит все изменения с момента последнего обмена.
1.2 Если это по какой-то причине невозможно, то перед настройкой обмена сделайте резервную копию и восстановите ее на подчиненным устройстве (пункты 2 и 3 инструкции). Затем создайте новый идентификатор (пункт 4 инструкции) на восстановленной копии.
2. Поскольку узлы у Вас уже созданы, то пункты 5 и 6 просто пропустите.
3. Далее просто обновите идентификаторы в настройках узлов (пункт 7 инструкции). Для этого нужно обменяться идентификаторами. Идентификатор основного устройства должен быть задан в узле подчиненного устройства и наоборот. Вот здесь, в разделе Начало работы, можно посмотреть подробнее: http://interblitz.biz/projects/blitz-0035/wiki/090_%D0%9A%D0%BE%D0%BB%D0%BB%D0%B5%D0%BA%D1%82%D0%B8%D0%B2%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D1%80%D0%B0%D0%B1%D0%BE%D1%82%D0%B0
После этого обмен должен заработать.
Если же проблема останется, то посмотрите, пожалуйста, журнал событий. В нем фиксируются проблемы связанные с обменом.