Добрый день,
Обычно для погашения ипотеки банк создает отдельный счет. Поэтому и в приложении также нужно создать отдельный счет.
Если Вы хотите видеть отдельно погашение тела кредита и погашение процентов, то в операции погашения нужно использовать сплит, разбить платеж на две части, в одной указать статью "Погашение ипотеки", во второй - "Выплата процентов". Программа сама не может рассчитать какая сумма в платеже приходится на выплату процентов, эту сумму нужно посмотреть в выписке банка.