Здравствуйте,
Переводы в одной или разных валютах в приложении хранятся двумя операциями, списанием и зачислением. Перевод может быть как связанным, т.е. когда приложение знает, что это две части одной комплексной операции, так и не связанными - когда приложение об этом не знает.
Сейчас при импорте автоматически связываются только операции в одинаковой валюте. Переводы в разных валютах останутся не связанными. В принципе, в этом ничего страшного нет. На остатки и точность учета это не влияет.