Точно определить в чем проблема можно из журнала событий (меню Справочники - Журнал событий). Там всегда указана причина, по которой была пропущена то или иное СМС-уведомление или создана операция. Если ответ не поможет, то отправьте, пожалуйста выдержку из журнала событий прямо из приложения.
Судя по всему, у Вас не верно указаны идентификаторы счетов. Если одновременно используется две и более карт одного банка, то в качестве идентификатора счета, нужно обязательно указывать четыре последние цифры карты, для Сбербанка они задаются в виде VISA1234. Посмотрите, пожалуйста, пример.
Также, проверьте, пожалуйста список разрешенных для импорта уведомлений пакетов. Если приложение корректно импортирует СМС уведомления (на некоторых телефонах Xiaomi есть проблемы), то из списка пакетов следует удалить com.android.mms. Это исключит дублирование, т.к. с существующей настройкой приложение скорее всего считывает и СМС и push-уведомления пакета com.android.mms, что и приводит к дублированию.
Если же приложение не имеет доступа к СМС, то тогда пакет com.android.mms не следует удалять